Antibioticos y Borrelia.

El tratamiento con antibióticos con éxito es posible sólo si el individuo tiene un sistema inmune eficaz en lo que respecta al tratamiento con antibióticos, pero también surgen problemas con Borrelia debido a la resistencia natural o adquirida. El agente causal de la borreliosis de Lyme puede evadir el sistema inmune por lo que se conoce como "mecanismos de escape".
En la etapa inicial, las primeras 4 semanas después del inicio de la infección, una tasa de fallo del 10% es  esperable con el tratamiento con antibióticos. En las formas crónicas, es significativamente mayor en hasta un 50%. Incluso en los estudios  que se refiere al área del problema de la borreliosis de Lyme crónica y los límites de su susceptibilidad al tratamiento.  En todos estos estudios, la duración del tratamiento fue limitada en general a un máximo de cuatro semanas. Considerables tasas de fracaso terapéutico se produjeron  en estas condiciones, incluso con cursos repetidos de tratamiento.  La duración del tratamiento es de importancia decisiva para el éxito del tratamiento antibiótico.
En la actualidad hay pocos estudios disponibles que proporcionan pruebas de los efectos positivos y la seguridad a largo plazo de la terapia con antibióticos.

El limitado efecto del tratamiento con antibióticos está documentado en numerosos estudios. Los patógenos fueron cultivados, incluso después de la terapia supuestamente muy efectiva con antibióticos Por ejemplo, Borrelia fué aislada de la piel después de múltiples  ciclos de tratamiento con antibióticos (ceftriaxona, doxiciclina, cefotaxima). También hay una discrepancia entre la sensibilidad a los antibióticos de Borrelia in vitro frente a in vivo. 

Además, hay factores adicionales involucrados en vivo por los que que  Borrelia evade el sistema inmune específicamente bajo la influencia de diversos antibióticos.
Hipotéticamente, la persistencia de Borrelia se atribuye a su residencia dentro de la célula y por el desarrollo de formas permanentes biológicamente menos activos (sphaeroplasts, enquistamiento), entre otras cosas. Además, también Borrelia desarrolla  biopelículas con el efecto de resistir (desechando los anticuerpos de la superficie de la bacteria). (83/85/86) Otros mecanismos, también, diversificación, cambiar antígenos proteicos situados en la membrana, la pérdida de los plásmidos y los procesos para inactivar el complemento,  promover el "mecanismo de escape", la capacidad del patógeno para evadir el sistema inmune La capacidad para disminuir proteínas (proteína formadora de poros) también puede disminuir el efecto antibiótico.

Hay cuatro estudios aleatorios relacionados con el tratamiento de la enfermedad de Lyme crónica  en los  que se comparan diferentes antibióticos cuando se utiliza en el tratamiento de la encefalopatía. Se ha demostrado en estos estudios que las cefalosporinas fueron mejores que  la penicilina. Doxiciclina en su dosis habitual dio como resultado niveles séricos relativamente bajos y en las concentraciones de tejido, mientras que las concentraciones en el caso de las cefalosporinas fueron marcadamente superiores,  con respecto a la concentración mínima inhibitoria (MIC) los valores con las cefalosporinas son por lo menos diez veces mayores que con doxiciclina

Un amplio espectro terapéutico y una concentración  alta de antibiótico es necesario para   las estructuras de la piel, cápsulas articulares, fascias, tendones, porque Borrelia tiene una afinidad especial a este tipo de tejido.
De los antibióticos disponibles, tetraciclinas, macrólidos y betalactámicos han demostrado ser eficaces en el tratamiento de la borreliosis de Lyme. La eficacia de otros antibióticos, especialmente a los carbapenems, telitromicina y tigeciclina, se basa en estudios in vitro. No hay estudios clínicos a excepción de imipenem, que se le dio una evaluación clínica favorable .
El tratamiento de la enfermedad de Lyme puede llevarse a cabo ya sea como una monoterapia  o como una terapia combinada .
La eficacia de un tratamiento antibiótico combinado no está científicamente acreditado hasta la fecha, esta forma de tratamiento se basa en los hallazgos microbiológicos y en los datos empíricos que hasta ahora no han sido sistemáticamente investigados.